Nacido en Bogotá, inicia sus estudios superiores en la Pontificia Universidad Javeriana de Bogotá. Realizó estudios musicales de Bachelor y Master en la Schola Cantorum Basiliensis en Suiza. Ha recibido adicionalmente clases magistrales y cursos de interpretación con Marcus Niedermeyr, Raphaël Boulay, Katarina Livljanic, Marcel Boone, Margreet Honig, Alessandro di Marchi, Jean-François Lombard y Agnès Mellon así como cursos de gestualidad barroca con Sharon Weller.
En Colombia ha cantado regularmente con la coral Santa Cecilia dirigida por Alejandro Zuleta. Ha hecho parte de diferentes ensambles de música antigua. Actualmente pertenece a los ensambles La Boz Galana y La Sonorosa, asimismo ha cantado con los ensembles Scherzi Musicali (Nicolas Achten), Gli Incogniti (Amandine Beyer), La Morra (C. Marti, M. Gondko), Daedalus (Roberto Festa) y La Cetra Vokalensemble (A. Marcon).
Ha grabado discos para los sellos Glossa, Lindoro, Musiques Suisses y Ramée, así como varios programas para la Radio Suiza y Radio Televisión Española.
Paralelamente a su actividad musical, Sebastián León es doctor en estudios literarios y culturales por la Facultad de Filología y Comunicación de la Universidad de Barcelona. Ha sido invitado a distintos congresos y universidades (Renaissance Society of America, Yale University, Univ. de Barcelona, Univ. de Basilea, Univ. Javeriana de Bogotá, Univ. de Neuchâtel, entre otros) para dar conferencias e impartir cursos sobre sus temas de investigación.
Actualmente coordina la plataforma Diversas Rimas (diversasrimas.com) que pretende ser un espacio para la difusión oral, principalmente a través de la declamación y el canto, del patrimonio literario hispánico de los Siglos de Oro. Asimismo colabora como asesor de voz y musical en la compañía teatral La Donosa Gangarilla, la cual codirige junto a la actriz mexicana Ana Yunuén Castillo.